發(fā)酵罐壁上的污垢是無機物和有機物的混合物，很難用單一清洗劑清洗。如果發(fā)酵罐的清洗只使用苛性鈉，它只起到去除有機物的作用。只有當清洗溫度達到80℃以上，才能有更好的清洗效果；清洗時使用單一硝酸進行清洗，對無機物質有一定的作用，對有機物幾乎無效。因此，發(fā)酵罐清洗需要堿性清洗液和酸性清洗液。發(fā)酵罐先清洗干凈后再殺菌消毒。罐體內臟物被徹底地清洗干凈才算是有效殺菌。
CIP運行方式及其對清洗效果的影響現(xiàn)代化啤酒廠采用普遍的清洗方式是原位清洗(cleaninginplace，簡稱CIP)，即在密閉條件下，不拆動設備的零部件或管件，對設備及管路進行清洗及滅菌的方法。像發(fā)酵罐這樣的大容器，不可能用充滿清洗液的方式清洗。發(fā)酵罐的原位清洗是通過洗滌器循環(huán)進行的。洗滌器有固定洗球型和旋轉噴射型兩種型式，通過洗滌器把清洗液噴射到罐體內表面，然后清洗液沿罐壁向下流淌，一般情況下，清洗液會形成一層薄膜附著在罐壁上。這樣機械作用的效果很小，清洗效果主要靠清洗劑的化學作用來實現(xiàn)。
固定洗球型洗滌器的作用半徑為2 m，對于臥式發(fā)酵罐就必須安裝多個洗滌器，洗液在洗滌器噴咀出口的壓力應為0.2~0.3 MPa;對于立式發(fā)酵罐和壓力測量點在洗滌泵出口的情況，不僅要考慮管路阻力造成的壓力損耗，還要考慮高度對清洗壓力的影響。壓力太低時，洗滌器的作用半徑小，流量不夠，噴射的清洗液不能布滿罐壁;而壓力太高時，清洗液會形成霧狀，不能形成沿罐壁向下流動的水膜，或者噴射的清洗液被罐壁反彈回來，降低了清洗效果。
在被清洗設備較臟和罐體直徑較大(d>2 m)時，一般采用旋轉噴射型洗滌器，通過增加洗滌器出口壓力(0.3~0.7 MPa)，來加大洗滌半徑，增強沖洗的機械作用，增加去垢效果。與球型洗滌器相比，旋轉噴射型洗滌器可以采用較低的清洗液流量。由于沖洗介質通過時，洗滌器利用流體的反沖力進行旋轉，沖洗和流空交替進行，從而提高了清洗效果。
清洗液流量的估算前已述及，發(fā)酵罐清洗時需要有一定的沖洗強度和流量。為了保證流體流層足夠的厚度及形成連續(xù)的湍流，必須注意清洗泵的流量。
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